中国空间站新阶段首艘载人飞船
神舟十六号载人飞船是中国空间站应用与发展新阶段的首发载人飞船，也是中国开展的第11次载人航天飞行任务。作为航天员实现天地往返的“生命之舟”，神舟系列载人飞船由轨道舱、返回舱和推进舱构成，是中国可靠性、安全性要求最严苛的航天器。
面对空间站任务每年2艘载人飞船的发射密度，神舟飞船采取了组批研制生产模式。神舟十二号至神舟十五号这4艘是中国首批批产的神舟飞船，神舟十六号飞船则是新一批次载人飞船的首发船。与之前发射的飞船相比，新批次载人飞船整体设计方案和技术状态保持稳定，可靠性、舒适型、安全性等方面得到进一步提升。
中国空间站首迎航天飞行工程师和载荷专家
神舟十六号航天员乘组由1名首批航天员和2名第三批航天员组成，首次包含航天驾驶员、航天飞行工程师、载荷专家3个航天员类型，中国空间站首次迎来航天飞行工程师和载荷专家。
其中，航天驾驶员景海鹏和航天飞行工程师朱杨柱主要负责直接操纵、管理航天器，以及开展相关技术试验；载荷专家桂海潮是北京航空航天大学的一名教授，主要负责空间科学实验载荷的在轨操作，在科学、航天工程等领域受过专业训练且具有丰富操作经验。
值得一提的是，指令长景海鹏先后参加过神舟七号、九号、十一号载人飞行任务，此次任务是他的第四次飞天之旅，创造了中国人飞天次数最高纪录。同时，神舟十六号任务也是第三批航天员首次执行飞行任务。
神舟飞船首次与空间站“T”构型《明博国际官网平台》径向交会对接
由于神舟十五号载人飞船已经对接于中国空间站的前向对接口，神舟十六号载人飞船入轨后，将采用自主快速交会对接模式，对接于天和核心舱径向端口，这是空间站三舱“T”字构型下实施的首次径向交会对接任务。
